I løpet av republikkens siste dager ble den Stjerne krigen universet fikk et massivt slag mot den lette siden av Styrken. I en rask kommando aktiverte keiser Palpatine ordre 66. Protokollen ble implantert via brikke i hver soldat i klonhæren og tvang soldatene en gang til å henrette alle Jedi i deres nærhet. The Great Jedi Purge satte et enormt antall Jedi i hvile og avsluttet med sine dødsfall oppdrag og mysterier som fortsatt var igjen å fullføres.
Av alle jediene som falt på den skjebnesvangre dagen, virket ingen like brutale som Aayla Securas død på den livlige planeten Felucia. Star Wars Episode III: Revenge of the Sith viser den unge Twi'lek som blir skutt ned av klonbataljonen hennes. Dessverre, da hun falt, ble hun distrahert av en fugl og kunne ikke reagere. Imidlertid henger skuddet i noen sekunder til og viser klonene fortsetter å skyte på hennes inerte kropp. Mange spørsmål har oppstått fra hennes forferdelige død da fans prøver å finne ut hvorfor klonene virket så kaldblodige mot henne.
I likhet med mesteren hennes, Quinlan Vos, valgte Secura å gå sin egen vei mens hun fulgte Jedi-ordenen. Dette ble vist i valg av klær og måten hun svingte lyssabelen på med et omvendt grep. Secura brydde seg dypt om mesteren sin, som var unik i styrken. Mange teoretikere mener at hun også var umåtelig mektig i styrken. Hvis dette var tilfelle, kan årsaken til at klonene slår henne ned, ha vært å sikre at hun ikke ville stå opp for å påføre enorme skader med sine evner.
De fleste av Securas eventyr viser henne ikke å bruke noen enorm styrke i Force under Clone Wars. Likevel er det fullt mulig at evnene hennes ikke hadde manifestert seg ennå. Alternativt kunne styrken hennes ha blitt kanalisert gjennom hennes kampevne som brukte lyssværdekamp Form IV og Form V, og inkluderte en overflod av akrobatikk og støtende trekk i stor fart.
En annen teori som ble presentert, var sterkt knyttet til Securas forhold til klonbataljonen hennes. På grunn av de mange årene Jedi tilbrakte med sine klontropper, ble det dannet mange bånd mellom de to gruppene. Noen av de beste eksemplene inkluderer kaptein Rex og Ahsoka Tano eller kommandør Cody og Obi-Wan Kenobi. Med den logikken kan klonene kontinuerlig ha skutt på Secura fordi de husket historien de delte med henne og ønsket å forsikre seg om at hennes død var rask og smertefri. Hvis det er sant, ville det gjøre deres siste handling som klonetropper til en av de mest barmhjertige i rensingen.
Aayla Secura var en av de mest medfølende jediene i ordenen. På grunn av dette har hennes voldelige slutt blitt ansett som en av de mest brutale i Great Jedi Purge. Securas død representerer også den raske og kirurgiske ødeleggelsen som keiseren hadde tenkt seg å oppnå. Det tar mye å drepe en Jedi, og til og med Anakin Skywalker i Fantomtrusselen trodde ikke det var mulig å beseire dem alle. Imidlertid beviste keiseren ham feil ved å utslette nesten hver og en av dem på en gang.
Døden til nesten alle Jedi kom raskt og voldsomt. Under arrangementet var noen av de siste følelsene som overlevende Force-brukere følte svik og smerte. Selv Securas død nådde ut til Yoda, som var på en helt annen planet på den tiden. Den eksakte grunnen til at klonene skjøt så mange ganger på Secura er fortsatt et mysterium. Likevel har dette mysteriet tillatt fans å komme sammen, nok en gang, for å spekulere i de mange andre mysteriene i Star Wars-universet.
