Faller mellom den andre og tredje prequel-filmen, Star Wars: The Clone Wars detaljerte konflikten som ville rocke galaksen til dens fundament. Til syvende og sist, som fans er godt klar over, var handlingen fra Darth Sidious for å undergrave Jedi og republikken og ta kontroll over alt vellykket. I løpet av krigen kom imidlertid en person nærmere planene sine enn noen andre, selv om hun ikke skjønte det på den tiden.
Padmé Amidala ble introdusert for fans i Star Wars: The Phantom Menace som den valgte dronningen av Naboo. Etter å ha fullført sin periode som dronning, fortsatte hun å tjene planeten sin som representant i det galaktiske senatet på Coruscant. Hun fortsatte med å spille en nøkkelrolle i å installere Sheev Palpatine, som var senator for Naboo da hun ble satt på tronen, som ny kansler. Dessverre for galaksen, ledet han et dobbelt liv under dekke av Darth Sidious.
Med tanke på at den delen hun spilte i Palpatines planer i beste fall var uvitende, ble Padmé også en viktig komponent i forsøket på å avslutte krigen med separatistene. Hun var fast overbevist om at kampen var et ikke-vinn-scenario for begge sider, og at diplomatiske midler var den eneste måten å stoppe konflikten. Padmé hadde rett fordi krigen ble orkestrert av Palpatine, som i all hemmelighet kjørte begge sider av slaget.
Gjennom krigen ville Padmé finne nye måter å kjempe mot krigen i Senatet. Hun opprettet regninger som ville begrense utgiftene til republikkens store hær, ettersom den forverrede gjelden på begge sider av konflikten svekket deres respektive posisjoner sterkt. Padmé gikk også imot Senatets ordre og hadde forbindelse med en venn fra separatisterne, Mina Bonteri, som også ønsket fred. Hadde dette gått ut, ville det sporet hele planen til Palpatine.
Virkeligheten var at Padmés forskjellige fredsinitiativer nesten lyktes. Palpatine og hans flunkies måtte gå til ekstreme tiltak for å hindre henne i å hindre deres operasjoner, inkludert da grev Dooku planla og henrettet drapet på Bonteri, og deretter startet et angrep på Coruscant for å undergrave fredsforhandlingene.
Ironisk nok var alt Padmé gjorde for å prøve å stoppe krigen uendelig mer effektivt enn noe Jedi prøvde. De antatte fredsbevarerne lot seg trekke inn i en kostbar konflikt som ble rigget mot dem fra starten, og all deres innsats spilte rett i Sith Lords hender. Det var en plan de burde ha vært i stand til å oppfatte gjennom styrken, men de ble blindet av sin egen arroganse.
Hadde Jedi vært i stand til å komme forbi hubriset sitt, kan de ha realisert en plan i bevegelse rundt dem tidligere. Padmés sanne forpliktelse til en fredelig resolusjon var den største tornen på Palpatines side gjennom klonkrigene, så hvis Jedi hadde fulgt hennes ledelse i stedet for å kjøre i kamp sammen med en hær designet for å drepe dem, ville ikke ordenen ha falt så lett.
