Før han fant mainstream-suksess i Marvel Cinematic Universe, var Iron Man en mye mer nisjekarakter. Denne populariteten utenfor tegneseriene ble matchet av hans mer nisjestatus i tegneseriene, med karakteren, til tross for sin milliardærstatus, i beste fall en B-listekarakter. Denne statusen ble radikalt endret, i likhet med Marvel Universe generelt, i 2005-arrangementet House of M.
Denne endringen i verdenshistorien hadde mutanter som den dominerende kraften på jorden, med arter av undertrykkelse denne gangen mot mennesker. En av menneskehetens største sinn var fortsatt Tony Stark, men House of M forandret sterkt forholdet til rustningen, faren og verden generelt.
Som etablert i Brian Michael Bendis og Olivier Coipels hoved House of M serie, konfigurerte begivenheten universet slik at mennesker var en offentlig undertrykt art som tjente lunene til mutanter. Dette skjedde da en forvirret Scarlet Witch aktiverte hennes virkelighetsendrende krefter i større skala enn noensinne, og omskrev verden i prosessen. I denne nye kontinuiteten var Tony Stark kanskje menneskehetens mest strålende sinn, men han var fortsatt bare en mann. Han var fortsatt utrolig rik, selv om hans kreasjoner fremdeles ble overvåket av de herskende mutantene som Magnetos eponymous House of M-familie.
I motsetning til i det vanlige universet, var Tonys far Howard fortsatt i live, selv om han var pensjonert fra å drive familiebedriften deres. Å motta forretningsansvar mye senere i livet og aldri ha tragedien om at han mistet faren, gjorde at universets Tony ble mye mer bortskjemt og mangelfull. Selv Howard bemerker dette, med denne versjonen av Tonys alkoholisme forårsaket av farens konstante krangel.
Som beskrevet i Greg Pak og Pat Lee Iron Man: House of M , Tony og Howard er begge stjernene i TV-serien Sapien Death Match , som setter dem i gladiatorekamp mens de styrer gigantiske mekaniske kampdrakter. Tonys kostyme er en kjedelig gylden rustning, som ligner Iron I-rustningen Mark I og Mark II fra 616-universet. Bli med på showet inkluderer Johnny Storm, hvis drakt kan avgi store eksplosjoner av ild, og mock-ups av Sentinel-robotene. I dette universet er Sentinels blitt ombygd for å jakte på og angripe mennesker, med enhver handling mot de 'offisielle' modellene som en straffbar lovbrudd.
Bak kulissene lager Tony en Iron Man-rustning for eget personlig bruk. Støpt i det klassiske røde og gullfargeskjemaet, bytter denne rustningen tradisjonelle frastøtende håndbjelker eller armmonterte kanoner. Dette, sammen med sin større design, gjør at den ligner på Generation 1-versjonen av Megatron. Ved å stoppe en flåte av Sentinels fra å drepe uskyldige mennesker, blir Iron Man et symbol på menneskelig motstand og en terrorist i øynene til verdens mutante overherrer.
Jobber for Tony Stark i denne verdenen er Hank Pym, som i likhet med Tony fortsatt er et menneske. Pyms forskning fører til at han kan isolere og kartlegge mutantgenomet, med de farlige implikasjonene av denne oppdagelsen som gjør det potensielt ulovlig. Etter å ha blitt nesten sparket av Tony og Howard, forsvinner Pym, og når den nylig kalt Iron Man sporer ham opp, skjønner han hvor farlig Pyms oppdagelse kan være. Pym hadde skapt flere bomber som påvirket de nærliggende med X-genet, og tvunget dem til genetisk nedsmelting hver gang bomber ble aktivert.
Etter at begge hadde avlyttet bomber og stoppet faren og flere droner, ble Iron Man sementert som en potensiell frelser for Homo Sapiens. Howard avslørte for Tony at hans sanne formål var å alltid lede menneskeheten i en kamp mot mutantene. Magneto dukket opp under opprøret og drepte Howard Stark, men Iron Man nektet fortsatt å drepe den mutante overherren. Denne statusen som hovedfigur for ikke-X-Men-relaterte Marvel-figurer vil bli reflektert senere med Iron Mans plass i MCU, og nå mer enn noensinne er han ansiktet til ikke-drevne helter i Marvel-universet generelt.
