ADVARSEL: Følgende artikkel inneholder spoilere for Dagene borte .
Etter omtrent 40 timers spill for å fullføre hovedhistorien, vil mange spillere sette kontrollerne til side og dra Dagene borte for godt . Annet vil starte opp en helt ny lagringsfil. Imidlertid vil de som fortsetter å spille etter studiepoeng belønnes med en hemmelig slutt, en som har store forgreninger.
Når det siste oppdraget er over og Wizard Island er ødelagt, er spillets åpne verdenskart fremdeles tilgjengelig for å streife omkring. Derfra kan spillerne fullføre eventuelle gjenværende sidemål, for eksempel Freaker Hordes eller NERO-forskningssteder. Etter en stund vil spilleren motta en radiomelding fra NERO-forskeren James O'Brian, som vil be spilleren om å møte ham.
Når hovedpersonen diakon St. John møter O'Brian på den gamle kirkegården, blir det bonkers. I prologen møter spilleren O'Brian, som har på seg en farget drakt i full kropp og en hjelm med gjennomsiktig skjerm. Her er ansiktet hans synlig. Imidlertid er O'Brians maske tonet i resten av spillet, noe som betyr at Deek ikke kan se ansiktet hans.
Årsaken til dette avsløres bare i den hemmelige avslutningens kuttscene: O'Brian er smittet. Han tar til slutt av seg masken for å avsløre et uklar, vaskulært syn som får Deacon til å trekke seg tilbake. O'Brian forklarer at viruset som skapte Freakers utvikler seg raskt, og det er nå på et stadium der det kan invadere lymfesystemet (som hjelper til med å beskytte kroppen mot sykdom og infeksjon) av uinfiserte mennesker. Han avslører også at høyere ups på NERO har visst om dette en stund, og advarer Deacon om at de kommer. O'Brian drar, hopper inn i et luftbåret helikopter med umenneskelig styrke og smidighet.
Denne scenen formidler at denne nye virusstammen skaper en helt ny form for Freaker, en som opprettholder de menneskers kognitive funksjoner, men som har styrken, hastigheten og aggresjonen til skapningene Deacon bekjemper gjennom Dagene borte . Faktisk gjør O'Brians kropp på flere punkter i denne scenen tilsynelatende ufrivillige rykk, og han tar til og med flere skritt mot Deek før han beklager. Selv om det aldri eksplisitt er oppgitt, ser det ut til at O'Brian motstår den biologiske angrepstrangen som er forårsaket av viruset.
Det var klart at denne scenen var ment å la døren stå åpen for en Dagene borte oppfølger, noe som nå ser ut til at det aldri vil skje. I stedet for den optimistiske avslutningen på Deek som kjørte ut i solnedgangen med Sarah, avsluttet denne vrien spillet på en mørkere, mer truende tone. Den nye formen for Freaker introdusert gjennom O'Brian ville ha skapt en formidabel fiende i et andre spill, som sikkert ville ha fulgt Deacons forsøk på å avdekke sannheten om NEROs kobling til viruset.
Det er verdt å merke seg det, selv om NERO har en fremtredende rolle i Dagene borte , Deacon kjemper faktisk aldri mot dem. I oppdragene de er omtalt i, kan Deek bare snike seg rundt soldatene og forskerne, ettersom spillet gjør det klart at dressene deres er for befestet til at han kan klippe eller skyte gjennom. En oppfølger ville sannsynligvis ha gjort NERO til den viktigste antagonisten, med Deacon og selskapet som måtte møte dem front på. Imidlertid, som ting ser ut, er dette en historie som vil forbli utallige.
