Masamune Shirow's Spøkelse i skallet er mest kjent for å takle transhumanisme og filosofier angående bevissthet. Transhumanisme er ideen om at mennesker kan utvikle seg forbi det deres egne kropper og sinn kan tilby ved hjelp av vitenskap og teknologi. Gjennom øynene til seriehovedpersonen Makoto Kusanagi, alias Major, kan seerne se hvordan disse ideene kan påvirke samfunnet. Et videospill basert på konseptet vil passe perfekt for serien, så lenge en solid historie kan støtte det.
TIL Spøkelse i skallet Tredjepersonsopplevelse vil tillate spillere å kontrollere majoren mens hun skalerer høyhusene til et cyberpunk Japan, og løser saker for offentlig sikkerhet, seksjon 9. Etter en kort veiledning, ville handlingen slå rundt og dreie seg om en ny virtual reality-teknologi som ser ut til å stjele spillernes bevissthet, og etterlater kroppene deres katatoniske. Siden majoren allerede er fullstendig kybernetisk og hennes 'spøkelse' eller sjel ikke er fremmed for bevegelige former, er hun den viktigste kandidaten til å våge seg inn i denne teknologien og avdekke mysteriet.
Gjennom overgangen fra den fysiske verden til den digitale verden ville den metaforiske linjen mellom hvem spilleren er i spillet bli uskarpt. I virkeligheten kontrollerer spilleren Makoto uansett hva, men det fortellende kaninhullet går dypere som spiller kontrollerer Makoto , kontrollerer seg selv. De dypere spørsmålene ville ikke begynne å oppstå før spillets midtpunkt da den virtuelle verden spilleren reiser i fungerer som et dynamisk miljø, skiftende vær og fiender som det ønsker.
Etter hvert som spillet skrider frem, vil spillere møte mennesker hvis bevissthet ble stjålet, og de forklarer hvordan det ikke er mye forskjell mellom den virtuelle verdenen og deres egen. Spillere kan stille spørsmål til og til og med hjelpe disse menneskene til å avdekke mer av historien deres og den omkringliggende historien. Dialogalternativene fungerer som deler av den større ideen om at uansett hvilket skall folk bor i, er deres spøkelse det som oppfatter deres virkelighet. Sporet av fare Makoto følger vil føre henne til spillets viktigste antagonist og en åpenbaring som spilleren ikke ser komme.
Til slutt, å konfrontere kuratoren for denne farlige VR-verdenen, ville være spillets skaper som en sjefskamp som handler mindre om en fysisk konkurranse og mer om en ideekamp. Etter hvert som teknologien fortsetter å utvikle seg, mener skaperen at alle sjeler fortjener en sjanse til et bedre liv i maskinen, mens Makoto mener at de samme sjelene fortjener det valget. Til slutt ville Makoto beseire skaperen og frigjøre folket som ble fanget fra spillet. Noen frigjorte spillere vil gjerne være tilbake i virkeligheten, mens andre ikke vil ha noe mer enn å komme tilbake til den verdenen.
Den tankebøyende handlingshistorien vil konkludere med ideen om at menneskeheten ofte leter etter en flukt fra deres virkelighet, men det er til syvende og sist deres valg hvor lenge de vil at 'sjelene' deres skal forbli i sin perfekte verden. Ideen ville tjene som en metakommentar for fremveksten av teknologi ettersom den blir mer et middel for escapisme. Spøkelse i skallet er franchisen for å snakke om den voksende videospill- og teknologikulturen og hvordan det sakte endrer landskapet om hvordan mennesker lever og samhandler. Et spill med de grunnleggende ideene om fri vilje og rømning ville tilby en tankebøyende fortelling om temaet som ville holde spillerne i snakk i årene som kommer.
