Season of the Chosen innledet en helt ny æra med historiefortelling og karakterutvikling som ikke hadde blitt sett i Destiny 2 til nå. Dødsfienden til Guardians Aldran Sav, nå kjent som Crow, ble forvandlet til en verdifull alliert som reddet befalingsmann Zavalas liv i sesongavslutningen. Cabal førte nesten vokterne til utryddelse under den røde krigen, men keiserinne Caiatl viste seg å være annerledes enn sine forgjengere. Etter mange prøvelser av kamp på hennes bevisende grunnlag, dannet spillerne en urolig allianse med en annen mangeårig fiende. Nå Sesongen av Splicer har kommet, og spillerne vil igjen måtte stille spørsmål ved hva de vet om en annen motstandergruppe, The Fallen.
Vex har brukt sin simuleringsteknologi for å blokkere solen og dekke jordens siste by i uendelig mørke. Warlock Vanguard Ikora antyder at Mithrax kan være den eneste som har kunnskapen til å hacke Vex-nettverket og avslutte simuleringen. Mithrax er Kell of House Light, et hus av sin egen skapelse som er laget av fritt tenkende Eliksni som ønsker å gå tilbake til nærværet av Great Machine. Mithrax er kjent som en hellig splitter; splicers er et lite kollektiv av Eliksni-forskere med avansert kunnskap innen kybernetikk, bioteknologi og biohacking.
Mithrax og splicers skal høres kjent ut for erfarne verger. Mithrax var den smarte Fallen Captain som unngikk spillere på Titan. Mithrax er en visjonær som tror at Eliksnis fremtid ligger med Traveller som soler seg i lyset, men han steg gjennom rekkene akkurat som enhver annen Fallen Dreg. Han pleide å være en del av Wolves House og lovet lojalitet til Skolas og Mara Sov etter at hun tok kommandoen over Wolves ved å beseire Skolas. Etter at Guardians sparte livet sitt på Titan, begynte Mithrax å skape en troskap med tårnets verger. Han kom tilbake for å hjelpe dem under Zero Hour-oppdraget og hjalp til med å stoppe Eramis fra å stjele SIVA-teknologi fra et hvelv i det gamle tårnet.
Fallen Splicers fra House of Devils brukte SIVA-teknologi for å utfordre Guardians under Rise of Iron utvidelse i Skjebne. Disse cybernetiske fallene ville gi oss et glimt av monstrøsitetene vi senere ville møte i Deep Stone Crypt. Disse djevlene smeltet sammen med SIVA, en nanitteknologi skapt av Warmind Rasputin. Denne nanitteknologien utryddet Iron Lords en gang. Guardians stoppet Devils fra å forlate Plaguelands med SIVA, men ga spillerne et godt eksempel på hva en gruppe Fallen splicers er i stand til når de har kraftig teknologi og ressurser til rådighet.
Mithrax er en av de siste gjenværende hellige splicerne og har funnet en måte å hacke seg inn i Vex-nettverket med en merkelig enhet han podet på en av hans mekaniske armer. Han har også modifisert andre deler av sitt vesen, som å installere en slags cybernetisk visir over ansiktet hans. Denne Mithrax er langt annerledes enn forrige gang vi møtte ham, men han har holdt sitt ord om å gi lojalitet til den reisende og fortsetter å være så smart som noen gang. Denne typen manipulering av Vex-teknologien er ny for historien og vil føre spillere til uutforsket territorium der Vex er bekymret.
Vex har blitt antatt å være et resultat av at lyset og mørket spilte et 'blomsterspill' i urhagen lenge før universet eksisterte. Vex stammer fra et enkelt tilbakevendende mønster som dominerte hele simuleringen som et virus, som gledet mørket og irriterte lyset. Vex's modus operandi innebærer alltid å manipulere tidsstrømmene via simuleringsteknologi, men deres faktiske motiver, bortsett fra bare å prøve å gjøre virkeligheten til en omfattende Vex-simulering, har alltid vært innhyllet i mystikk. Nå har Mithrax utviklet en enhet som lar spillere hacke seg lenger inn i Vex-nettverkene enn noen gang før og til slutt lære mer om dette mystiske løpet av dominerende organiske maskiner.