Mens MCU er Avengers: Uendelig krig og Avengers: Endgame brakte Marvels helter sammen i to av de største blockbusters noensinne, Kaptein Amerika: Borgerkrig gjorde det stikk motsatte ved å splitte laget i to motstridende fraksjoner. Nesten alle Avenger som var til stede i MCU på den tiden (bortsett fra Thor og Hulk) dukket opp i filmen , men en håndfull av disse heltene var fraværende i den originale tegneseriehendelsen.
Her er en liste over hvem som var fraværende i tegneserieversjonen av Borgerkrig sammen med årsakene til fraværet.
Hawkeye

I filmen hadde Clint Barton trukket seg fra kriminalitetsbekjempelse, men besvarte Captain Americas samtale uten spørsmål. Hans motstykke til tegneserier var på et mye annet sted på den tiden av Borgerkrig. Etter hendelsene i House of M , som så Scarlet Witch endre virkeligheten og deretter gjenopprette den bare for å utslette 90% av alle mutanter, ble Hawkeye antatt å ha blitt drept. Imidlertid ble Clint faktisk levendegjort da Scarlet Witch restaurerte virkeligheten. Under hendelsene i borgerkrigen bodde Clint faktisk med Scarlet Witch.
Scarlet Witch

Etter hennes handlinger i Avengers: Demontert og House of M Wanda ble hukommelsestap og bodde i den lille landsbyen Transia nær Wundagore Mountain, der hun trodde hun hadde levd hele livet sammen med sin 'tante Agatha'. Hun og Hawkeye utviklet et intimt forhold, selv om han snart ville dra for å bli Ronin.
Syn

Under arrangementene til Avengers: Demontert Visjon mistet kontrollen over kroppen hans, ga ut fire kuler som skulle bli nye versjoner av Ultron, og smeltet deretter. Hans minner ble innlemmet i en tydelig versjon av Kangs Iron Lad rustning og ble 'Jonas'. Denne yngre versjonen av Visjonen var hans egen enhet som kjempet sammen med Young Avengers.
Ant-Man (Scott Lang)

Effektene av Scarlet Witchs ødeleggelse i Avengers: Demontert og House of M var vidtrekkende, ettersom man trodde ødeleggelsen av Avengers Mansion også hadde drept Scott Lang, også kalt Ant-Man. I sannhet ble Lang plukket fra herskapshuset før ødeleggelsen av datteren Cassie Lang og Young Avengers. Teamet tok ham med til fremtiden, og overlot Avengers av den tiden å tro at han hadde omkommet med herskapshuset.
Vintersoldat

Til tross for sin sentrale rolle i MCUs versjon av Borgerkrig, Vintersoldaten var ikke til stede i det komiske arrangementet. Etter å ha hjulpet Captain America med å avverge et terrorangrep i London, flyktet Bucky i stedet for å møte sin gamle mentor og ba Nick Fury om ansettelse. Under krigen jobbet Bucky undercover for Fury, men planla å hjelpe Captain America å rømme etter at overgivelsen hans avsluttet borgerkrigen. Captain America ble imidlertid myrdet, og Bucky stjal Caps skjold fra Tony Stark og tok opp kappen til Captain America.
Ikke bare var heltenes rollebesetning i filmen og det komiske arrangementet annerledes, men hendelsene som skjedde før og etter begge borgerkrigen, er også drastisk forskjellige. I tegneseriene forårsaket Scarlet Witchs handlinger fraværet av seg selv og tre andre helter hvis tilstedeværelse kan ha endret resultatet av arrangementet. I filmen lærer Scarlet Witch bare omfanget av kreftene sine og har ikke et sammenbrudd før lenge etter hendelsene i Borgerkrig . I filmen kjempet også alle disse heltene, bortsett fra Vision, på Captain America-siden. Det er umulig å vite sikkert, men det kan være grunnen til at MCU's Cap ikke møtte en utidig slutt på slutten av arrangementet, som hans tegneserie.